Die Scheyerner Klosterkirche ist ein Unikat. Als romanische Kirche geweiht, wurde sie in den folgenden Jahrhunderten immer wieder verändert und dem Geschmack der jeweiligen Zeit angepasst.
Herausragende Kunstschätze findet man hier deshalb nicht, dafür wird man von einem einzigartigen Mix der Baustile belohnt.
Prägend bis heute ist die Umgestaltung von Abt Joachim Herpfer 1768-1770 im Stil des späten Rokoko. Im Jahr 1876 besann man sich wieder auf die romanischen Ursprünge: Die Seitenschiffe wurden westlich auf gleiche Länge mit dem Mittelschiff gebracht und die Empore wurde verkürzt. Die Pfeileraltäre wurden entfernt, Teile des Stuckes abgeschlagen wie auch die Rokokofresken durch themen-gleiche Nazarenerbilder ersetzt. Bereits kurz zuvor hatte König Ludwig I. den seit einem Blitzschlag aus dem Jahre 1656 von einer gewaltigen Laterne gekrönten Kirchturm mit jenem neuromanischen Spitzhelm ausstatten lassen, der noch heute zu sehen ist. Seither wurde die Kirche zwar außen und innen restauriert, es fanden aber keine einschneidenden Veränderungen an der Bausubstanz mehr statt. Im Jahr 2008 erhielt die Basilika ein mächtiges 14-stimmiges Geläute. Seither verkündet vom Turm die schwerste Glocke Süddeutschlands mit über 10 Tonnen Gewicht Gottes Lob, ein Muss für jeden Glockenliebhaber. Der unbestrittene Höhepunkt in der Basilika ist natürlich das hl. Kreuz von Scheyern, das in der Heilig Kreuz-Kapelle gezeigt wird. Dabei handelt es sich um ein byzantinisches Kreuz mit doppeltem Querbalken, das einen
Kreuzpartikel beinhaltet, dessen Ursprünge, urkundlich nach-
gewiesen, in Jerusalem liegen und der von jenem Kreuz stammen soll, an das Jesus geschlagen wurde.
Seit 1180 birgt Scheyern eine ansehnliche Reliquie des hl. Kreuzes, nachden der Patriarch Fulcherius von Jerusalem einen Kanoniker namens Konrad mit einem Kreuzpartikel nach Europa gesandt hatte, um Almosen zur Erhaltung der heiligen Stätten zu sammeln. Die Dachauer Grafen brachten die Reliquie 1156 in ihren Besitz und hielten sie zunächst verborgen. Mit dem Leichnam des letzten aus dem Geschlecht der Dachauer Grafen, Konrad III., kam das hl. Kreuz schließlich nach Scheyern, wo es seither als kostbarer Schatz verehrt wird und das Ziel unzähliger Pilger ist. Zu den zwei großen Kreuzfesten finden jedes Jahr zwei besondere Wallfahrts-gottesdienste im Kloster Scheyern statt: zur Kreuzauffindung am ersten Sonntag im Mai und zur Kreuzerhöhung am 14. September oder an dem Sonntag, der diesem Tag am nächsten liegt. Darüber hinaus wird an Werktagen nach der Frühmesse und am Sonntag nach dem Gottesdienst um 8.30 Uhr sowie nach der Vesper um 16.30 Uhr in der Heilig Kreuzkapelle der Segen mit dem hl. Kreuz und durch Kreuzauflegung erteilt.
