Wer sich der Baumburger Klosterkirche nähert, der ist unweigerlich beeindruckt von der aus Tuffquadern. errichteten romanischen Westfront. Man ist aber auch etwas verwirrt, weil das heutige Erscheinungsbild doch sehr ungewöhnlich ist,
schließlich erhielten die beiden Kirchtürme im Laufe der Jahrhunderte nicht nur Zwiebeltürme aufgesetzt, man hat darüber hinaus auch noch eine Vorhalle im Stil des Rokoko
angefügt. Die erste Stiftskirche an dieser exponierten Stelle über dem Zusammenfluss von Alz und Traun, eine dreischiffige romanische Basilika, wurde im Jahr 1156 geweiht; davon zeugen
heute noch die beiden mächtigen Türme. Die barocke Umgestaltung begann um 1600 mit einer Renovierung der mittelalterlichen Kirche; dabei erhielten die Türme ihre charakteristischen Zwiebelhauben. Nach dem Neubau der Klostergebäude wurde zum 600-jährigen Weihejubiläum der Umbau der Kirche im Stil des Rokoko beschlossen. Die romanische Basilika wurde dabei bis auf die Grundmauern
abgetragen und als einschiffige Wandpfeilerkirche neu errichtet. Der Baumeister Franz Alois Mayr aus Trostberg stattete die heutige Kirche St. Margareta im Stil des Rokoko mit filigranen Stuckarbeiten und Fresken aus, unterstützt wurde er dabei von Stuckateuren aus Wessobrunn. In diesem Rahmen wurde an der Westfassade auch die Vorhalle mit der Kirchenpatronin
Margareta über dem Portal angebaut. Das Innere der Kirche fasziniert mit barocker Pracht und opulenter Ausstattung, über der ein gewaltiges Deckenfresko von Felix Anton Scheffler, einem Münchner Asam-Schüler, thront: gewidmet dem hl. Augustinus und seinem Orden.
Das Gemälde über der Sängerempore zeigt ein himmlisches Konzert: König David auf der Harfe spielend, daneben der siebenarmige Leuchter und die Bundeslade, dahinter eine Gruppe singender und musizierender Engel. Das vordere Deckengemälde über dem Presbyterium erzählt die Entstehungsgeschichte der Kirche, und der Hochaltar erweist jenen Männern und Frauen die Reverenz, denen Baumburg seine Gründung zu verdanken hat:
Adelheid von Möglingen heiratete Marquart von Marquartstein, der seiner Gemahlin am Totenbett auftrug, in Baumburg eine Kirche mit Kloster zu erbauen. Kurz darauf vermählte sich Adelheid mit dem reichen Ulrich von Passau, aber erst ihr
dritter Mann, Berengar von Sulzbach, erfüllte nach ihrem Tod das Gelübde. Die Überführung der Gebeine von Adelheid im Jahr 1156 – zur Einweihung der romanischen Basilika – in die Gruft vor dem Hochaltar ist auf dem Deckengemälde dargestellt. Und hier ist auch der energisch dreinblickende Propst Joachim Vischer verewigt, der die vormals romanische und gotische Kirche im
Rokokostil umbauen ließ. Das große Altargemälde des Augsburger
Malers Joseph Hartmann stellt in seinem oberen Teil die hl. Margareta dar, wie sie von Christus empfangen wird. Unter der Heiligen stürzt, von einem Engel gestoßen, Satan in Gestalt eines Drachens in die Tiefe. Im Hintergrund ist die Enthauptung der hl. Margareta vor einer Götzenstatue dargestellt. Rechts unten rufen Alte und Kranke die Heilige um ihre Fürbitte an. Von links kommen König Ludwig XIV. von Frankreich und seine Gemahlin
mit dem von der hl. Margareta erflehten Thronerben auf dem Arm. Der Grund für diese ungewöhnliche Szene ist die Bitte des bayerischen Kurfürsten Max III. Joseph, der 1756 Baumburg besuchte und um die gleiche Gnade bat, die ihm aber nicht zuteil
wurde. Interessant sind schließlich auch noch die Seitenaltäre und die vielen Grabsteine, die in die Wände eingelassen wurden.
